La primera actuación de mantenimiento se llevó a cabo seis años después, por José de Echevarría y consistió en apear, limpiar y afinar el órgano del Evangelio y su opuesto, el órgano de la Epístola. Adentrados en el s. XVIII, tras la Guerra de la Independencia(1808-1814), el organero Tomás Risueño se dirige al Cabildo para dar a conocer el mal estado del órgano y, finalmente, la actuación se retrasa hasta 1822.
Pero fue en 1892 cuando el órgano del Evangelio fue objeto de una profunda reforma de la mano de Juan Otorel, cambiando en lo instrumental hacia una orientación romántica, aunque manteniendo la práctica totalidad del órgano de José de Echevarría.
Las intervenciones durante el siglo pasado fueron constantes, aunque en aspectos concretos, y no fue hasta 1954 cuando se intervino a gran escala, con la instalación de un ventilador eléctrico y, hasta hoy, el mantenimiento es periódico, destacando su buen funcionamiento.