La Capilla de San Gregorio fue fundada por Alonso Nieto y su mujer quienes la compraron en 1623. Posee una reja de estilo barroco creada por Antonio de Elorza e instalada en 1716. En ésta se encuentran las armas de los patronos.

El retablo de La Capilla de San Gregorio se atribuye a Vallejo Vivanco y es también de estilo gótico. Está compuesto por tres calles que, a su vez, están divididas por columnas salomónicas. Podemos encontrarnos, además, varios lienzos sobre La Misa de San Gregorio y San Miguel.