La Capilla de San Gregorio fue fundada por Alonso Nieto y su mujer quienes la compraron en 1623. Posee una reja de estilo barroco creada por Antonio de Elorza  instalada en 1716. En ésta se encuentran las armas de los patronos.

El retablo de la Capilla de San Gregorio se atribuye a Vallejo Vivanco y es también de estilo gótico. Está compuesto por tres calles que, a su vez, están divididas por columnas salomónicas. Podemos encontrarnos, además, varios lienzos sobre La Misa de San Gregorio y San Miguel.